| Назва підрозділу | Завідуючий відділом | Напрями досліджень |
| Відділ ринкових механізмів і структур | т.в.о. зав.від., к.е.н., доц. Соколюк К.Ю. | Теоретичниі проблеми та розробка науково-практичних рекомендацій щодо розвитку ринкових відносин та формування ринкових технологій регулювання економічних систем |
| Відділ ринкутранспортних послуг | д.е.н., проф.Шлафман Н.Л. | Наукове забезпечення ефективного функціонування ринку транспортних послуг та використання транзитного потенціалу країни |
| Відділ розвитку регіональних економічних систем | академік НАНУ, д.е.н., проф.Буркинський Б.В. | Теоретичні та прикладні аспекти підвищення соціально-економічної результативності інвестиційно-інноваційної діяльності в регіонах Українського Причорномор’я |
| Відділ економіко-екологічних проблем приморських регіонів | д.е.н., проф.Єрмакова О.А. | Розробка методології господарського освоєння та підвищення економіко-екологічної ефективності природно-ресурсного потенціалу приморських регіонів |
| Відділ розвитку підприємництва | д.е.н., проф.Уманець Т.В. | Теорія та методологія розвитку підприємництва, підвищення його ефективності в умовах модернізації економіки та його впливу на сталий соціально-економічний розвиток держави та її регіонів |
| Відділ економічного регулювання природокористуванням | д.е.н., доц.Петрушенко М.М. | Теоретичні проблеми та економічні інструменти управління природокористуванням |
| Відділ інтеграції науки, освіти та бізнесу | д.е.н., проф. Рубель О.Є. | Розробка фундаментальних та прикладних засад інтеграції науки, освіти і бізнесу, розвиток «відкритих інновацій» з огляду міжсекторальних інноваційних взаємодій в інноваційній екосистемі, враховуючи її дослідницьку, освітню, бізнесову, адміністративну та природоохоронну складову), розробка механізмів трансферу інновацій та технологій, відбудови інноваційного потенціалу. |