Головним науковим напрямком відділу є розв’язання теоретичних проблем та розробка науково-практичних рекомендацій щодо розвитку ринкових відносин та формування ринкових технологій регулювання економічних систем.

Наукові напрямки:

• методологія та методи дослідження товарних ринків, інструментарій оцінки та механізми їх регулювання;
• теоретичні та методологічні засади розвитку конкуренції – проблеми збалансування державних та ринкових важелів управління;
• методологія формування відтворювальних процесів на регіональних ринках та їх регулювання;
• засади конкурентоспроможності вітчизняних товарів та підприємств – принципи, методи, методики оцінки та аналізу конкурентоспроможності на внутрішньому і зовнішньому ринках;
• промислова та протекціоністська політика у зміцненні та захисті внутрішніх ринків;
• регіональна інноваційно-інвестиційна політика та ефективність інноваційних процесів, їх моделювання;- методологічний підхід до оцінки ефективності функціонування та регулювання товарних ринків; 
• теоретико-методологічні засади формування ефективних механізмів інтеграції товарних ринків та їх інституційне забезпечення; 
• методологія формування ефективної логістики товарних ринків.

 Історична довідка:

Відділ ринкових механізмів та структур було створено у 1970 році, його очолив відомий вчений-економіст у галузі економіки підприємств д.е.н., професор Леонід Веніамінович Барташов, що працював в Інституті по 1981 рік. З 1981 року по 2013року керував відділом академік НАН України, д.е.н., професор Борис Володимирович Буркинський. Протягом 2014-2018рр. відділ очолював д.е.н., професор Володимир Митрофанович Лисюк. З травня 2019 року на посаді завідувача відділу була затверджена д.е.н., с.н.с. Оксана Володимирівна Нікішина  (Постанова Президії НАН України №140 від 15.05.2019р.).

Спочатку відділ у відповідності зі своїми основними науковими напрямками називався «Відділ економіки та організації виробництва», а в 1991 році у зв’язку з новими завданнями, що поставлені перед економічною наукою і Інститутом, було перейменовано в «Відділ ринкових механізмів та структур».

Відділ було створено для розробки нових форм організації промислового виробництва, його підготовки, удосконалення організації виробничої інфраструктури, підвищення ефективності окремих видів виробництва, впровадження нових видів устаткування, механізації й автоматизації.Напрямком наукової роботи відділу в найближчій перспективі є розробка на базі відтворювального підходу  методології формування ефективної логістики вітчизняних товарних ринків, що спрямована на їх розвиток  і передбачає максимальну орієнтацію сировинних потоків на внутрішню переробку з подальшим формуванням логістичного ланцюга ринків товарів із високою доданою вартістю та їх інтеграцію до глобального ринку. У рамках даної тематики планується вдосконалити теоретико-методологічні основи та принципи формування ринкової логістики, визначити механізми її впливу на розвиток стратегічних товарних ринків, розробити методичні підходи до оцінки ефективності ринкових логістичних ланцюгів, систему механізмів та інструментів щодо подолання логістичних “розривів” у ринках, пропозиції щодо вдосконалення інституційної бази ринкової логістики в Україні.

На сьогоднішній час у складі відділу 4 доктори наук (з них академік Буркинський Б.В., Лисюк В.М., Нікішина О.В., Бондаренко С.А.) та 3 кандидати (Антонюк П.О., Тараканов М.Л., Топалова І.А.).

Вчений секретар відділу – к.е.н. Топалова І.А.